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スマートフォン向けページでは、tel: でリンクすれば電話をかけることができます。

<a href="tel:090-1234-5678">090-1234-5678</a>

ただしこの機能はPCサイトでは不要です。この対策に、以下のJavaScriptで電話番号のリンクを解除することができます。

var ua = navigator.userAgent;
if (ua.indexOf('iPhone') < 0 && ua.indexOf('Android') < 0) {
  $('a[href^="tel:"]').each(function() {
    $(this).contents().unwrap();
  });
}

処理の内容は「iPhoneでもAndroidでもなければ、リンク先が tel: が始まるリンクを解除する」としています。

Windows Phone も考慮するならuserAgentの判定は要改良ですが、ひとまずこれで。